Počet USB donglů, které lze na počítači použít, je omezený počtem dostupných USB portů.
Pokud používáte více softwarových produktů, může každý vyžadovat jiný licenční klíč.
Sdílení stejného bezpečnostního klíče mezi více uživateli může vést ke ztrátě nebo poškození fyzického donglu, jehož náhrada může být finančně nákladná.
Práce ve virtuálním prostředí nebo přes vzdálenou plochu může být problémová, protože mnoho hostovaných operačních systémů nemá nativní podporu pro připojení donglu, který je připojen k hostitelskému zařízení.