Existují omezení v počtu USB donglů, které lze na jednom počítači používat, protože závisí na počtu dostupných USB portů.
Další situací je, když se používá více softwarových produktů a každý z nich vyžaduje vlastní licenční klíč.
Pokud více uživatelů sdílí stejný bezpečnostní klíč, může dojít ke ztrátě nebo poškození fyzického donglu, a jeho náhrada může být finančně nákladná.
Práce ve virtuálním prostředí nebo přes vzdálenou plochu může být problém, protože mnoho hostovaných operačních systémů nemá nativní schopnost připojit dongle připojený k hostitelskému počítači.