Počet donglů, které lze používat na jednom počítači, je omezen počtem dostupných USB portů.
Pokud používáte více softwarových produktů, každý z nich může vyžadovat jiný licenční dongle.
Pokud stejný bezpečnostní klíč používá více osob, může dojít ke ztrátě nebo poškození fyzického donglu, jehož náhrada může být nákladná.
Při práci ve virtuálním prostředí nebo na vzdálené ploše může nastat problém, protože mnoho hostovaných operačních systémů nemá nativní schopnost připojit dongle k hostitelskému počítači.