Ein Computer hat nur eine begrenzte Anzahl von USB-Ports, wodurch mehrere Dongles nicht gleichzeitig verwendet werden können.
Mehrere Softwareprodukte benötigen jeweils unterschiedliche Lizenzschlüssel, was mehrere Dongles erforderlich macht.
Wenn mehrere Personen denselben Sicherheitsschlüssel nutzen, steigt das Risiko, dass der Dongle verloren geht oder beschädigt wird – Ersatz kann teuer sein.
In virtuellen Umgebungen oder per Remote-Desktop funktioniert der Dongle oft nicht, da viele Gastbetriebssysteme keinen nativen Zugriff auf das Host-Gerät haben.