Die Anzahl der verwendbaren Dongles wird durch die Anzahl der verfügbaren USB-Ports beschränkt.
Wenn mehrere Softwareprodukte im Einsatz sind, die jeweils einen eigenen Lizenzschlüssel erfordern, erleichtert die Emulation die Verwaltung.
Wird derselbe Sicherheitsschlüssel von mehreren Personen genutzt, besteht ein Risiko, den physischen Dongle zu verlieren oder zu beschädigen – ein Ersatz kann teuer sein.
Bei der Arbeit in einer virtuellen Maschine oder per Remote-Desktop ist der Anschluss eines Dongles oft problematisch, da viele Gastsysteme keine native Unterstützung dafür haben.