Die Anzahl der nutzbaren Dongles ist oft durch die Anzahl der verfügbaren USB-Ports begrenzt.
Wenn mehrere Softwareprodukte genutzt werden, die jeweils eigene Lizenzschlüssel haben.
Wenn mehrere Personen denselben Sicherheitsschlüssel verwenden, besteht die Gefahr, dass der physische Dongle verloren geht oder beschädigt wird. Ein Ersatz kann teuer sein.
Die Arbeit in einer virtuellen Umgebung oder über Remote-Desktop kann problematisch sein, da viele Gastsysteme keine native Unterstützung für Dongles am Host-System haben.