Die Anzahl der gleichzeitig verwendbaren Dongles ist oft durch die verfügbaren USB-Anschlüsse begrenzt.
Viele Unternehmen nutzen mehrere Softwarelösungen, die jeweils eigene Lizenzschlüssel erfordern – was zu Komplikationen führen kann.
Wenn mehrere Personen denselben Dongle verwenden, besteht ein erhöhtes Risiko für Verlust oder Beschädigung. Die Wiederbeschaffung ist teuer und zeitaufwendig.
In virtuellen Maschinen oder bei Fernzugriffen ist der Anschluss physischer Dongles oft nicht möglich, da viele Gastsysteme keine native USB-Kompatibilität bieten.