Die Anzahl der gleichzeitig nutzbaren USB-Dongles ist oft durch die verfügbaren USB-Anschlüsse am Rechner begrenzt.
Bei der Nutzung mehrerer Softwarelösungen mit jeweils eigenem Lizenzdongle wird es schnell unübersichtlich und unpraktisch.
Wenn mehrere Personen denselben Sicherheitsschlüssel nutzen, steigt das Risiko von Verlust oder Beschädigung – der Ersatz kann teuer werden.
In virtuellen Maschinen oder Remote-Desktops ist die Anbindung physischer Dongles oft nicht direkt möglich, da viele Gastsysteme dies nicht nativ unterstützen.