Die Anzahl der verwendbaren USB-Dongles ist durch die verfügbaren USB-Ports einer Maschine begrenzt.
Wenn mehrere Softwareprodukte genutzt werden, benötigt jedes eine eigene Lizenzschlüssel-Dongle.
Wenn mehrere Personen denselben Sicherheitsschlüssel nutzen, steigt das Risiko, den physischen Dongle zu verlieren oder zu beschädigen – der Ersatz kann teuer sein.
Arbeiten in einer virtuellen Umgebung oder über Remote Desktop kann problematisch sein, da viele Gastbetriebssysteme keine native Unterstützung für Dongles am Host-Rechner bieten.