Die Anzahl der nutzbaren Dongles hängt von der Anzahl der vorhandenen USB-Anschlüsse eines Rechners ab.
Wenn mehrere Softwareprodukte genutzt werden, benötigt jedes davon einen eigenen Lizenz-Dongle.
Wenn mehrere Personen denselben Sicherheitsschlüssel verwenden, steigt das Risiko, dass der physische Dongle verloren geht oder beschädigt wird. Ein Ersatz kann teuer sein.
In virtuellen Umgebungen oder bei Remote-Desktops gibt es häufig das Problem, dass Gastsysteme nicht in der Lage sind, auf einen Dongle am Hostsystem zuzugreifen.