PCによっては、接続できるUSBドングルの数が限られており、拡張性に制約があります。
複数のソフトウェアを使用する場合、それぞれに異なるUSBドングルが必要になり、運用が複雑になります。
同じUSBセキュリティキーを複数人で共有すると、紛失や破損のリスクが高まり、ドングルの交換コストがかさむ可能性があります。
仮想環境やリモートデスクトップでは、ホストに接続されたUSBドングルをゲストOSが認識できないことが多く、接続が困難です。