Liczba urządzeń USB, które można podłączyć do jednego komputera, jest ograniczona liczbą dostępnych portów.
Kiedy używasz wielu aplikacji z różnymi licencjami, przełączanie się między donglami może być kłopotliwe.
Jeśli jeden klucz zabezpieczający jest używany przez wiele osób, istnieje ryzyko jego zgubienia lub uszkodzenia. Wymiana może być kosztowna.
Środowiska wirtualne czy pulpity zdalne często nie obsługują fizycznych dongli, co uniemożliwia ich użycie bezpośrednio.