Liczba dongli, które można użyć na jednym urządzeniu, jest ograniczona liczbą dostępnych portów USB.
Kolejny przypadek to korzystanie z wielu produktów programowych, z których każdy wymaga innego klucza licencyjnego.
Jeżeli wiele osób używa tego samego klucza zabezpieczającego, istnieje ryzyko zgubienia lub uszkodzenia fizycznego dongla, a jego wymiana może być kosztowna.
Praca w środowisku wirtualnym lub na zdalnym pulpicie może stanowić problem, ponieważ wiele systemów gościnnych nie ma natywnej obsługi podłączonego do hosta dongla.