Liczba dongli, które można używać na jednym urządzeniu, jest ograniczona dostępnymi portami USB.
Jeśli korzystasz z wielu programów, z których każdy ma inny klucz licencyjny, zarządzanie donglami może być kłopotliwe.
Gdy kilka osób korzysta z tego samego klucza zabezpieczeń, łatwo o jego zgubienie lub uszkodzenie, a wymiana fizycznego dongla może być kosztowna.
Praca w środowisku wirtualnym lub na pulpicie zdalnym może stanowić problem, ponieważ wiele systemów gościnnych nie obsługuje natywnie połączenia z donglem podłączonym do komputera-host.