Liczba dongli USB, które można używać na jednym komputerze, jest ograniczona liczbą dostępnych portów USB.
Gdy korzystasz z wielu programów, z których każdy ma inny klucz licencyjny, zarządzanie nimi może być problematyczne.
Wspólne korzystanie z jednego klucza zabezpieczającego przez wiele osób zwiększa ryzyko jego utraty lub uszkodzenia, a wymiana urządzenia może być kosztowna.
Praca w środowisku wirtualnym lub przez pulpit zdalny może być problematyczna, ponieważ wiele systemów gościnnych nie ma natywnej obsługi podłączania dongla do urządzenia hosta.