Liczba dongli, które można używać na jednym komputerze, jest ograniczona ilością dostępnych portów USB.
Jeśli korzystasz z kilku programów, każdy z nich może wymagać innego klucza licencyjnego.
Gdy wiele osób korzysta z tego samego klucza zabezpieczającego, łatwo o jego zgubienie lub uszkodzenie. Wymiana dongla bywa kosztowna.
Praca w środowisku wirtualnym albo przez zdalny pulpit może być problematyczna, ponieważ wiele systemów gościnnych nie obsługuje natywnie dongli podłączonych do komputera-hostu.