Istnieją ograniczenia liczby dongli USB, które można podłączyć do jednego komputera – zależą one od ilości dostępnych portów USB.
Inna sytuacja to korzystanie z wielu produktów programowych, z których każdy wymaga innego klucza licencyjnego.
Jeżeli wiele osób korzysta z tego samego klucza zabezpieczającego, istnieje ryzyko zgubienia lub uszkodzenia fizycznego dongla, a jego wymiana może być kosztowna.
Praca w środowisku wirtualnym lub poprzez zdalny pulpit może być problematyczna, ponieważ wiele systemów gościnnych nie ma natywnej możliwości połączenia z donglem podłączonym do komputera hosta.