Počet použitelných USB donglů je omezen počtem fyzických portů na zařízení.
Pokud používáte více softwarů a každý má vlastní licenční klíč, je nutné spravovat více donglů.
Když jeden bezpečnostní klíč používá více lidí, hrozí riziko jeho ztráty nebo poškození. Náhrada přitom může být nákladná.
Práce ve virtuálním prostředí nebo přes vzdálenou plochu může být problém, protože mnoho hostovaných operačních systémů nemá nativní schopnost připojit dongle zapojený do hostitelského počítače.