Viele Geräte haben nur eine begrenzte Anzahl von USB-Ports – das kann den gleichzeitigen Einsatz mehrerer Dongles erschweren.
Wenn mehrere Softwarelösungen verwendet werden, bringt jede ihren eigenen USB-Dongle mit – das sorgt für Kompatibilitäts- und Verwaltungsprobleme.
Wenn mehrere Nutzer denselben Dongle verwenden, steigt das Risiko, das physische Gerät zu verlieren oder zu beschädigen – ein Ersatz kann teuer sein.
In virtuellen Maschinen oder Remote-Desktops lassen sich physisch angeschlossene Dongles oft nicht ohne Weiteres nutzen, da viele Gastsysteme keine native Unterstützung dafür bieten.