Die Anzahl nutzbarer USB-Dongles auf einem Computer ist durch die vorhandenen USB-Anschlüsse limitiert.
Bei der Verwendung mehrerer Softwareprodukte mit jeweils eigenem Lizenzschlüssel kann die Verwaltung kompliziert werden.
Wird ein Sicherheitsschlüssel von mehreren Personen genutzt, steigt das Risiko, dass der physische Dongle verloren geht oder beschädigt wird – ein Ersatz kann teuer sein.
In virtuellen Umgebungen oder bei Remote-Desktop-Sitzungen können viele Gastsysteme nicht direkt auf einen am Host angeschlossenen Dongle zugreifen.