Die Anzahl der verwendbaren USB-Dongles hängt oft von der Anzahl der verfügbaren USB-Anschlüsse des Rechners ab.
Viele Unternehmen nutzen mehrere Softwarelösungen, die jeweils eigene Lizenzschlüssel erfordern.
Wenn mehrere Personen denselben Sicherheitsschlüssel nutzen, steigt das Risiko, dass der physische Dongle verloren geht oder beschädigt wird. Ersatzgeräte können zudem teuer sein.
In virtuellen Umgebungen oder Remote-Desktop-Sitzungen ist es häufig problematisch, da viele Gastsysteme nicht über die native Fähigkeit verfügen, sich mit einem Dongle am Host-Rechner zu verbinden.