Liczba możliwych do użycia dongli USB jest ograniczona ilością portów w komputerze.
Gdy korzystasz z wielu programów, a każdy z nich ma inny klucz licencyjny, konieczne jest zarządzanie kilkoma donglami jednocześnie.
Jeśli jeden klucz bezpieczeństwa używany jest przez wiele osób, istnieje ryzyko jego zgubienia lub uszkodzenia, a koszt wymiany może być wysoki.
Praca w środowisku wirtualnym lub na pulpicie zdalnym bywa problematyczna, ponieważ wiele systemów gościnnych nie obsługuje natywnego podłączania dongla wpiętego do komputera-host.